Como funcionan los runtimes Java VM, Net Framework, MonoDroid

Hola foreros, tengo una duda muy grande y necesito resolverla para poder
avanzar. Resulta que no entiendo muy bien como funcionan los runtimes de los
lenguajes que generan su codigo intermedio (il) como son java, net, etc digo
esto por que me es muy importante para descubrir como crear aplicaciones en
android con monodroid o con java. ¿Como sabe un so que tiene que ejecutar
.net, jvm, etc cuando se lanza una aplicación que no esta compilada de
manera nativa? 
Despues saber porque instalar mono en windows si ya esta .net que contine
las mismas clases que mono, system.windows.forms, system.drawing, etc... y
si quiero programar en android con monodroid que hace este?, como sabe
android que tienes que ejecutar con mono y como se instala? ¿esto recompila
las librerias mono para procesadores arm de smartphones? 
En fin como funciona todo esto de lenguajes intermedios, net, java, mono,
etc... 
Gracias y un saludo.
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