Tomcat y netbeas

Hola buen dia:

Veran tengo un problema, y ya eh buscado el como solucionarlo y no pued encontrar como,
Les explico, estoy realizando una aplicacion en Java con JSP, y utilizo netbeans 6.8, al momento de darle en Run, me corre bien la aplicacion, el problema es que al server de tomcat solo me copia el index.jsp y los demas JSP ni las carpetas que tengo no me las copia, por lo que no puedo acceder a ello...
Como puedo hacer para que me copie todo??

de antemano, gracias