Re: Eutilities

This should be already in place with the latest CPAN release, I'll check

Sent from my iPhone

On Nov 4, 2016, at 8:04 AM, "[email protected]<mailto:[email protected]>" <[email protected]<mailto:[email protected]>> wrote:

Hi,
It was NOT a problem of proxy setting…

https =>http in

I changed in Eutilsparameter.pm
my $HOSTBASE = 'http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/';
it was my $HOSTBASE = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/'<http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/'>;

Maybe that helps others…

Greetings
Guido



Von: Fields, Christopher J [mailto:[email protected]]
Gesendet: Freitag, 4. November 2016 13:06
An: Laucke, Guido
Cc: BioPerl List
Betreff: Re: Eutilities

Hi Guido,

For support please keep the bioperl list included (I have cc’d it).

I haven’t extensively tested the proxy settings but this hasn’t popped up before.  Is this is a fairly recent change? I know that HTTP is no longer supported by NCBI; you must use HTTPS (the last release should address this).  Otherwise, can you file this as a bug report?

https://github.com/bioperl/Bio-EUtilities/issues<https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__github.com_bioperl_Bio-2DEUtilities_issues&d=DQMGaQ&c=8hUWFZcy2Z-Za5rBPlktOQ&r=fbHa8Njtvh9VmSnzJxiEUTW9NWDwMMwQAzhgZDO41GQ&m=1kRlKgAw6Smyel9pu1E2zyaqnMGOlxdho_J2CpK_7yk&s=v7PPqonwEAvvzwWGp-UlWw0E93kbNry0Ngedx9us5Cc&e=>

Thanks,

chris

From: "[email protected]<mailto:[email protected]>" <[email protected]<mailto:[email protected]>>
Date: Friday, November 4, 2016 at 1:46 AM
To: Chris Fields <[email protected]<mailto:[email protected]>>
Subject: Eutilities

Hi Christopher,

I have a problem to retrieve entrez by your tool.
I think I have problems with the proxy settings.

When I use LWP::UserAgent it works.

How to set the proxy with your pm?

Thanks in advance.

Guido from old germany

#!perl
use Bio::DB::EUtilities;
use LWP::UserAgent;
use strict;
use warnings;

my $ua = LWP::UserAgent -> new (env_proxy => 1,
                                                              keep_alive => 1,
                                                              timeout => 30);
#$ua->proxy(['http','ftp'], 'http://proxyhl:9090<https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__proxyhl-3A9090&d=DQMGaQ&c=8hUWFZcy2Z-Za5rBPlktOQ&r=fbHa8Njtvh9VmSnzJxiEUTW9NWDwMMwQAzhgZDO41GQ&m=1kRlKgAw6Smyel9pu1E2zyaqnMGOlxdho_J2CpK_7yk&s=-hvq5pbnrO6Z5-xLhOTvJAVeyNFICgiSocpud-Quhj0&e=>' );
#my $response = $ua -> get('http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?retmode=text&rettype=gb&db=nucleotide&tool=bioperl&id=gb%7CAL022723&usehistory=n'<https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__eutils.ncbi.nlm.nih.gov_entrez_eutils_efetch.fcgi-3Fretmode-3Dtext-26rettype-3Dgb-26db-3Dnucleotide-26tool-3Dbioperl-26id-3Dgb-257CAL022723-26usehistory-3Dn-27&d=DQMGaQ&c=8hUWFZcy2Z-Za5rBPlktOQ&r=fbHa8Njtvh9VmSnzJxiEUTW9NWDwMMwQAzhgZDO41GQ&m=1kRlKgAw6Smyel9pu1E2zyaqnMGOlxdho_J2CpK_7yk&s=cnJm6Lf_5i5Vavw_qq-PFBov3Rzz6JKca433w3e_7ZM&e=>);
#my $text = $response -> as_string;
#print substr($text,0,1000) , "\n";


my @ids = qw(1621261 89318838 68536103 20807972 730439);
my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(

                                               -eutil => 'efetch',
                                    -email => '[email protected]<mailto:'[email protected]>',
                                    -db => 'pubmed',
                                    -retmode => 'xml',
                                    -id => \@ids);
$factory ->proxy(['http','ftp'], 'http://proxyhl:9090<https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__proxyhl-3A9090&d=DQMGaQ&c=8hUWFZcy2Z-Za5rBPlktOQ&r=fbHa8Njtvh9VmSnzJxiEUTW9NWDwMMwQAzhgZDO41GQ&m=1kRlKgAw6Smyel9pu1E2zyaqnMGOlxdho_J2CpK_7yk&s=-hvq5pbnrO6Z5-xLhOTvJAVeyNFICgiSocpud-Quhj0&e=>' );
print $factory -> get_Response->content;





Mit freundlichen Grüßen
Dr. Guido Laucke

UKSH Gesellschaft für IT Services mbH
Dr. Guido Laucke
Projektleiter / Bereich Klinische Verfahren

Ratzeburger Allee  160 | 23538 Lübeck
Tel.: 0451 500-92976, Fax: -3054
[email protected]<mailto:[email protected]>|www.uksh.de<https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.uksh.de_&d=DQMFAw&c=8hUWFZcy2Z-Za5rBPlktOQ&r=fbHa8Njtvh9VmSnzJxiEUTW9NWDwMMwQAzhgZDO41GQ&m=4bzBHztwmd_jYA7EEmH6FZoWFQ1c0KOwNe9SXPUG7HE&s=FpRyXMKAKHf2F429Z8qPppR_HUsgbD6Ka2H7oXS6MwY&e=>


Besucheranschrift
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