Consulta sobre copias de un torpe

Buenos días.

Aunque llevo tiempo usando Linux no consigo implementar un sistema de 
copias de seguridad eficiente y eso ya me ha dado varios sustos y 
necesito orientación con esto porque ya demasiadas veces he perdido datos.

Me gustaría saber que datos son los importantes a salvar y que 
herramientas son las más seguras para hacerlo.

Yo suelo copiar con rsync -ahv a un disco usb

- las carpetas personales
- los .el de la configuración de Emacs
- la carpeta .ssh
- Perfiles de Firefox y Thunderbird

Tengo pendiente usar Gnu Stow para organizar los dotfiles y no sé como 
copiar una lista de paquetes instalados que me permita reinstalar 
automáticamente (los tengo apuntados y me apaño con eso) y cómo copiar 
mi configuración de Gnome.

Agradecería cualquier ayuda, orientación, recurso,  o indicación para 
organizar un sistema automatizado de copias, claro y sistemático que no 
me deje tirado cuando haga falta.

Otra consecuencia grave de lo mal que lo hago es un exceso de carpetas y 
archivos duplicados, que debo simplificar, para lo que necesito lo mismo 
alguna orientación de por donde tirar.

Gracias y saludos,