caracter extraño al pasar archivo de dos a linux

Hola compañeros:

Ya llegué al punto donde la única solución que veo es preguntar... así 
que aquí voy...

Tengo un problema sencillo, estoy pasando un archivo de DOS a Linux 
(Debian) y cuando lo cargo resulta que los acentos aparecen como 
caracteres extraños.

El problema lo tengo con la letra é que por algún motivo en el vi 
aparece así ~B. (En el vi el caracter se muestra en color azul.)

He intentado lo siguiente:

1. - Estando en vi hacer

:s/~B/é/g

También intenté
:s/\~B/é/g

Ninguno funcionó.

También probé

2.- Hacer un archivo reemplaza.sed y colocar dentro el texto

s/~B/é/g

y ejecutar

sed -f reemplaza.sed archivo_original > archivo_nuevo

Tampoco me funcionó....

Ya probé ejecutando el dos2unix pero este según entiendo resuelve 
problemas de saltos de línea... (la é sigue sin aparecer)

Llegué al borde de la desesperación y pensé modificar el archivo en 
Windows, pero resulta que los editores de texto en windows lo ven como 
una "," ... de modo que no puedo aplicar un replace pues me dañaría el 
archivo...

El archivo es texto y viene de una base de datos en isis la cual fue 
exportada en un formato que ellos llaman iso. He estado peleando con 
esto, pues debo hacer que la base funcione en un servidor linux....

Cualquier orientación con el asunto de la substitución de caracteres 
será muy bien recibida.

Saludos,

Elídier

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